Guerres de Religion (France) | le conflit

Le conflit

On peut distinguer huit guerres de Religion : 1562-1563, 1567-1568, 1568-1570, 1572-1573, 1574-1576, 1576-1577, 1579-1580, 1585-1598, la dernière se transformant en guerre classique contre le roi d'Espagne qui a soutenu la ligue[20]. En fait, la France connaît 36 années de troubles avec seulement deux périodes d'accalmie relative[20].

Première guerre de Religion (1562-1563)

Antoine de Bourbon,
roi de Navarre.

La marche à la guerre est déclenchée le par le massacre de Wassy. François de Guise, revenant de Lorraine, se rend compte que les protestants de Wassy, ville close, célèbrent leur culte dans la ville et non en dehors comme le veut l'édit de Janvier. Il charge avec ses troupes et tue 74 protestants, en blesse une centaine parmi les quelque 1 200 regroupés dans une grange[12]. À son retour à Paris, Guise est accueilli en héros et le peuple réclame une croisade contre les huguenots. Le massacre de Wassy déclenche une première « Saint-Barthélemy ». Des protestants sont massacrés à Sens, à Tours, dans le Maine et en Anjou. Les protestants prennent les armes sous la direction du prince Louis de Condé qui occupe Orléans. Ils s'emparent par surprise de plusieurs grandes villes situées sur la Loire[12]. La lutte s'organise pour le contrôle de l'espace urbain. En un mois, les protestants parviennent à s'emparer d'un grand nombre de villes dont de très importantes comme Lyon, Poitiers ou encore Rouen, à l'époque la deuxième ville du pays. Les massacres se multiplient des deux côtés. Le pays s'installe dans la guerre civile.

Prise au dépourvu par la précipitation des événements, Catherine de Médicis tente une ultime démarche pour maintenir la paix entre les deux partis, mais le duc de Guise entreprend un coup de force en surgissant avec ses troupes à Fontainebleau où la famille royale se trouve. Il contraint le jeune roi et sa mère à le suivre à Paris sous le prétexte de les protéger des protestants, les obligeant par ce moyen à prendre le parti des catholiques.

Le conflit se répartit sur trois principales zones de combat. La plus importante est celle qui se déploie en Normandie et sur la Loire, où l'armée royale tente de reprendre Orléans qui sert de point de ralliement des protestants. La deuxième zone de combat se situe dans le Sud-Est, en particulier en Languedoc abandonné presque entièrement aux protestants, et la troisième dans le Sud-Ouest où Burie (Charles de Coucis), Lieutenant général en Guyenne, aidé de Blaise de Monluc sauve Bordeaux et bat les protestants à la bataille de Vergt. C'est une troupe réduite qui rejoint Condé à Orléans.

L'armée protestante est encadrée par des réseaux nobiliaires expérimentés, mais doit faire appel à des mercenaires allemands. Avec le traité d'Hampton Court, signé en , elle a le soutien financier de la reine d'Angleterre à qui les réformés livrent Le Havre. Les protestants échouent cependant à réunir leurs trois armées (sud-ouest, sud-est, vallée de la Loire). Ils mènent plusieurs assauts sur les faubourgs de Paris, mais doivent se replier faute de pouvoir s'imposer.

Après la prise de Rouen où le roi de Navarre a trouvé la mort, l'armée royale commandée par les triumvirs[f] se porte sur la Loire pour empêcher la jonction de l'armée de Condé avec la ville du Havre qui venait d'être livrée par les protestants aux Anglais. La rencontre a lieu à Dreux, le . Les protestants sont battus et le prince de Condé est capturé, mais le camp catholique souffre également de plusieurs pertes ; le maréchal de Saint-André est tué et le connétable Anne de Montmorency fait prisonnier par les protestants.

François de Lorraine,
duc de Guise.

La mort de François de Guise au siège d'Orléans dans une embuscade à Saint-Mesmin permet à Catherine de Médicis de proposer la paix. Elle lance des négociations avec le prince de Condé qui aboutissent le à l'édit d'Amboise. L'édit autorise le culte protestant dans certains lieux réservés (chapelle des châteaux, une ville par bailliage) et rouvre une période de tolérance civile. Il précise que personne ne doit être inquiété pour ses opinions religieuses.

Si les villes de Rouen, Orléans et Lyon sont rendues au roi, la guerre y a laissé de lourdes plaies (la première guerre de Religion a été très destructrice). Les églises et les cathédrales prises par les protestants ont été extrêmement endommagées. La fin de la guerre amène beaucoup de catholiques à se venger des protestants et durant l'année 1563, de nombreux procès sont intentés pour condamner les protestants qui ont pillé les églises[21].

Finalement, la paix imposée par la reine-mère reste précaire. Le parlement de Paris renâcle à enregistrer le nouvel édit de paix qu'il juge trop tolérant. Profitant de la paix, Le Havre est repris aux Anglais par les catholiques et les protestants réconciliés. Catherine de Médicis entame en 1564 un tour de France royal, afin de montrer le jeune Charles IX à son peuple. Partout, il est accueilli triomphalement, et les manifestations de loyauté, aussi bien des catholiques que des protestants, sont générales[22]. Au cours de ce périple, le jeune roi rencontre sa sœur Élisabeth de Valois qui a épousé Philippe II d'Espagne. Elle est accompagnée du duc d'Albe. Tous deux conseillent la fermeté (1565)[23].

Deuxième guerre de Religion (1567-1568)

Le massacre de la Michelade.

Après avoir connu la paix pendant quatre ans, le royaume de France est de nouveau la proie des armes. La reprise des hostilités en 1567 s'explique pour trois raisons : l'échec de l'édit d'Amboise qui ne laisse la liberté de culte qu’aux nobles, le contexte international orageux et la rivalité de cour entre le prince de Condé et le jeune frère du roi, Henri duc d'Anjou. L'ambitieux Condé prend ombrage de l'ascension politique du jeune prince à peine âgé de seize ans et quitte la cour pour manifester sa contrariété[g].

En 1567, le roi d'Espagne Philippe II expédie une armée pour punir la révolte iconoclaste des protestants flamands, appelée révolte des gueux aux Pays-Bas. Les protestants français et flamands ne cessent alors de s'entraider[25]. L'armée espagnole envoyée depuis le Milanais se dirige vers les Pays-Bas en longeant la frontière française. L'approche ennemie ravive les craintes du roi de France qui décide de lever plusieurs bataillons suisses pour prévenir une éventuelle attaque espagnole sur la France. Cette levée suscite l’inquiétude des protestants français restés méfiants depuis l’entrevue de Bayonne, dont l’issue est restée secrète. De nouveaux incidents éclatent en province (le massacre de la Michelade).

La deuxième guerre éclate précisément le lorsque le prince de Condé tente de s'emparer de la famille royale par la force (surprise de Meaux) pour « le libérer des influences étrangères néfastes ». L'échec du complot fait craindre aux protestants des représailles. Ils s'emparent du pouvoir dans les villes où ils sont puissants[23]. Catherine de Médicis abandonne sa politique de tolérance. Michel de l'Hospital est disgracié[25]. Les villes protestantes du Midi se soulèvent à nouveau et les deux armées s'affrontent à nouveau. À la tête de l'armée protestante, Condé s'établit à Saint-Denis, en vue d'affamer Paris. Mais le il est repoussé lors de la bataille de Saint-Denis quoiqu'indécise, notamment à cause de la mort du connétable de Montmorency.

Le reste de la campagne se déroule dans le Sud-Est de la région parisienne, entre Loire et Meuse dans un face à face sans affrontements. De à , le duc d’Anjou s’efforce de poursuivre l’armée protestante. Mais Condé et Coligny refusent de livrer bataille avant leur jonction avec les reîtres allemands du prince palatin Jean Casimir. Ils quittent les bords de la Seine pour la Lorraine où doit s’opérer la jonction. De son côté, l’armée royale attend les troupes allemandes du duc de Saxe et les troupes italiennes du Piémont[h]. Mis à part quelques escarmouches, rien ne se passe.

Les protestants descendent en Bourgogne, traversent la Loire à La Charité, remontent vers Paris et prennent Blois et Chartres. Le manque de moyens financiers, de part et d’autre, conduit à la signature d'une trêve, dite la paix de Longjumeau le [27] qui remet en place les clauses de l'édit d'Amboise.

Troisième guerre de Religion (1568-1570)

La paix de Longjumeau est fragile car le pouvoir royal ne fait plus confiance au prince de Condé, et l’idée d’une coordination internationale des catholiques pour la répression du protestantisme s’accrédite[28] par exemple avec l’exécution de Cocqueville. La paix de Longjumeau permet surtout aux belligérants d'organiser leurs armées. Quelques mois après la signature de la paix, la guerre reprend. Les catholiques tentent de capturer par surprise le prince de Condé, au château de Noyers, près de Sens en Bourgogne, et l’amiral de Coligny, au château de Tanlay, dans l'Yonne également, le .

Le projet échoue et les chefs protestants se rassemblent avec leurs armées à La Rochelle où Coligny et Condé ont trouvé refuge ainsi que Jeanne d'Albret, son fils Henri de Navarre et Andelot. Les protestants craignent d'être exterminés. Le , une bulle de Pie V ordonnant la croisade contre les hérétiques est enregistrée au Parlement de Toulouse. Elle ne fait que confirmer les craintes des protestants[23].

L’ensemble de la campagne se déroule dans l’Ouest de la France, au Sud de la Loire. L’objectif de l’armée royale est de s’emparer des villes protestantes situées entre la Charente et la Dordogne. Les protestants retranchés dans La Rochelle et dans la ville de Sancerre, leurs places fortes à très forte majorité protestante, attendent le soutien militaire du prince d’Orange et du duc de Deux-Pont dont l’armée est financée par la reine d’Angleterre[29]. Guillaume de Nassau est battu et doit rebrousser chemin. De son côté, l’armée royale commandée par le duc d’Anjou attend les soutiens de l’Espagne et du pape.

Après une campagne hivernale sans gros accrochages, marquée par les désertions, le duc d’Anjou remporte le à Jarnac une victoire, où le prince de Condé trouve la mort. Coligny qui lui succède à la tête des calvinistes, nomme Henri de Navarre qui a alors 17 ans et Henri de Condé chefs de l’armée huguenote, mais demeure en réalité le seul chef véritable. Côté catholique, Anjou ne parvient pas à exploiter sa victoire, faute d’artillerie suffisante et ne réussit pas à prendre Cognac. Il n’a pas non plus de troupes suffisantes pour fournir en garnison les villes prises aux protestants.

L'amiral Gaspard de Coligny.

Le roi se rend au camp d’Orléans tandis que Catherine de Médicis descend jusqu’au camp du duc d’Anjou. Le , Coligny bat les Catholiques à La Roche-L’AbeilleStrozzi, colonel général de l’infanterie royale, est fait prisonnier. Il met ensuite le siège devant Poitiers où le duc de Guise s'est enfermé en hâte. Mais l'amiral de Coligny est battu le par le duc d’Anjou à la bataille de Moncontour, au nord-ouest de Poitiers, à la suite de la trahison des mercenaires allemands. Six à dix mille protestants sont tués ou faits prisonniers, mais les catholiques achèvent les prisonniers, en représailles de la bataille de La Roche-L'Abeille. C'est une très lourde défaite des protestants.

Les opérations militaires tournent à l’avantage de l’armée royale qui reprend une à une les villes protestantes du Poitou. Après Châtellerault, Niort et Lusignan, Anjou installe le siège devant Saint-Jean-d'Angély où le , le roi et la reine mère viennent le rejoindre[30]. La Rochelle est bloquée par mer, mais l’hiver s’installe et l’argent manque dans chaque camp. Les négociations reprennent et aboutissent à une trêve des armes par la capitulation de Saint-Jean-d’Angély, le .

Pendant les négociations, Coligny qui a réuni les lambeaux de l'armée, continue sa retraite par le Midi. Il passe en Languedoc et remonte ensuite le long de la vallée du Rhône. À la grande surprise des catholiques, il remporte sur Cossé la bataille d'Arnay-le-Duc le . Il s'établit ensuite à la Charité-sur-Loire, bloquant la route du Midi aux catholiques[31]. Cet évènement précipite la signature d'une nouvelle trêve, l'édit de Saint-Germain, le . Pour ce faire, il accorde aux protestants une liberté limitée de pratiquer leur culte dans les lieux où ils le pratiquaient auparavant ainsi que dans les faubourgs de 24 villes (2 par gouvernement). Ce traité garantit quatre places de sûreté aux protestants : La Rochelle, Cognac, Montauban et La Charité.

Quatrième guerre de Religion (1572-1573)

Pendant les festivités qui suivent le mariage de Marguerite de Valois avec le roi de Navarre Henri de Bourbon, l'amiral de Coligny est victime d'une tentative d'assassinat. Les protestants venus en grand nombre à Paris pour le mariage réclament vengeance. Aujourd'hui encore, les historiens n'ont pas obtenu de sources assez plausibles pour déterminer les raisons du massacre. L'hypothèse la plus remarquée reste celle-ci : des tensions se font sentir dans la capitale et de peur de recevoir des représailles violentes de la part des chefs huguenots (vis-à-vis de la situation de l'amiral de Coligny), les chefs catholiques, dont le duc de Guise, décident de supprimer purement les chefs protestants[32]. C'est ainsi que commence le massacre de la Saint-Barthélemy, à Paris, dans la nuit du au . La tuerie dégénère en massacre populaire les jours suivants et fait quelque trois mille morts à Paris. Les gardes suisses, les gardes du roi, les milices bourgeoises contribuent au massacre[33]. La tuerie s’étend à plusieurs villes de province en dépit de l'ordre royal d'arrêter l'effusion de sang[i], entre autres à Meaux (), Orléans (), Lyon ()[31]… Le culte protestant est interdit et les Réformés encouragés, voire forcés, à se convertir[35]. Le conflit est relancé.

L'essentiel de la guerre se déroule autour de deux villes protestantes : La Rochelle et Sancerre assiégées par les troupes royales. L'échec du siège de la Rochelle par l'armée royale et le manque de moyens du Trésor royal mettent un terme rapide aux opérations. Par l’édit de Boulogne[36] appelé aussi Paix de la Rochelle () Charles Charles IX remet en vigueur les clauses d'Amboise et enlève aux protestants Cognac et La Rochelle. Mais les protestants du Sud de la France le rejettent et restent en armes[37].

Le massacre de la Saint-Barthélemy a creusé un fossé entre le pouvoir royal et les protestants. Le parti protestant qui n'a plus foi dans le roi s'organise encore plus fortement que par le passé[38]. Le pouvoir monarchique absolu commence à être remis en cause par la constitution de l’Union des protestants du Midi, véritable gouvernement parallèle, qui lève des impôts (sur les catholiques et les protestants), possède ses états (élus par les fidèles), établit un programme de négociation avec le roi et possède sa propre organisation militaire ; Il y a donc en France une sorte de république protestante avec comme capitales Nîmes et Montauban et un grand port, celui de La Rochelle[38]. En 1574, les protestants se choisissent un gouverneur général et protecteur des Églises réformées en la personne du prince de Condé[39].

Cinquième guerre de Religion (1574-1576)

François d’Alençon.

Cette guerre s'ouvre par le complot des Malcontents au printemps 1574. Depuis le renforcement du pouvoir royal et la faveur accordée par le roi aux radicaux du parti catholique, un mouvement de fronde naît au sein même de la cour et de la famille royale. L'opposition est menée par François d’Alençon, le propre frère du roi contre le gouvernement de Catherine de Médicis et les partisans du roi de Pologne. Il a le soutien du clan des Montmorency, des monarchomaques et de tous les déçus de la monarchie.

Les monarchomaques sont ceux qui contestent l'autorité royale. Ils lui opposent l'autorité du peuple qui, réuni en assemblée, est capable de faire la loi et de choisir le roi par élection[40]. Ils pensent même que la révolte est légitime si le roi ne gouverne pas pour le bien de tous et ne respecte pas les libertés et franchises du peuple. Ces théories qui ont d'abord circulé en Allemagne et en Angleterre sont propagées en France par les protestants François Hotman (Franco-Gallia), Théodore de Bèze (Du droit des magistrats sur leurs sujets), Languet et La Boétie.

La conjuration des Malcontents s'accompagne en province d'une prise d'armes des protestants[41]. Ils s'emparent de places en se déguisant de costumes carnavalesques. C'est la surprise du Mardi-gras[42]. Réfugié en Angleterre depuis la Saint-Barthélemy, le comte de Montgomery, chef huguenot échappé du massacre, lance une offensive sur la Normandie.

Gravement malade, Charles IX croit pouvoir maîtriser la situation en réprimant la fronde sévèrement. Le , les conjurés La Mole et Conconat sont exécutés. Le , le duc de Montmorency et le maréchal de Cossé sont embastillés. Devant la fermeté du roi, les Malcontents Condé, Thoré et Turenne prennent le parti de fuir en province ou à l'étranger et le gouverneur du Languedoc, Damville de s'allier avec les protestants.

Le , Charles IX meurt sans héritier. Son frère, le roi de Pologne devient roi de France sous le nom d'Henri III. En attendant son retour, sa mère Catherine de Médicis assure la régence. Elle poursuit la lutte et tente de reprendre la situation en main. Le , Montgomery qui a été fait prisonnier par le gouverneur de Normandie Matignon, est exécuté[43]. En rentrant de Pologne, Henri III tente en vain de reconquérir les provinces du Sud.

Le conflit rebondit en faveur des révoltés quand un an plus tard, François d’Alençon s'enfuit de la cour et prend la tête d'une armée de malcontents[44]. Il a le soutien de Damville en Languedoc et du parti protestant. Revenu à sa foi originelle, le prince de Condé fait entrer dans le royaume les reîtres qu'il a recrutés dans le Palatinat. Malgré la victoire du duc de Guise, qui dirige les troupes royales le , à Dormans, la situation reste largement favorable aux révoltés. En , Jean Casimir, fils du comte palatin, pénètre avec 25 000 hommes dans l'Est du royaume qu'il dévaste. En 1576, la fuite du roi de Navarre assigné à la cour depuis quatre ans, l'encerclement de Paris par les troupes coalisées et leur supériorité numérique contraignent Henri III à s'incliner. La paix est signée à Étigny.

Le , le roi accorde l'édit de Beaulieu qui répond favorablement aux revendications des malcontents. Il accorde aux protestants la liberté de culte et des places de sûreté (garanties militaires). Il crée dans les parlements des chambres mi-parties où les protestants et les catholiques sont représentés à parts égales. Le roi indemnise également toutes les victimes de la Saint-Barthélemy. Les dispositions nouvelles de cet édit sont à la base de l'édit de Nantes de 1598[45]. Par ailleurs, le roi s'engage à convoquer les États généraux[46]. Le frère du roi reçoit le duché d'Anjou en apanage et le prince allemand Jean Casimir repart avec une indemnité colossale, retenant quelque temps en otage le surintendant des finances du roi, Pomponne de Bellièvre[47].

Sixième guerre de Religion (mai 1577 – septembre 1577)

Les catholiques trouvent que les dispositions de la paix de Beaulieu sont excessives. Ils constituent des ligues locales unies entre elles par un serment et se préparent à la guerre. Les ligues sont importantes en Bretagne et dans la moitié nord du pays. Le roi apparaît de plus en plus isolé, entre les catholiques, les protestants et le groupe des « Politiques » qui s'est constitué autour de la pensée de Jean Bodin et qui soutient une théorie de la souveraineté « qui fonde en droit l'autonomie de l'État par rapport au problème confessionnel, et rend légitime la liberté de conscience et de culte »[48]. La réunion des États généraux à Blois n'apporte aucune amélioration à la situation et la guerre recommence en . Les Politiques, soucieux de l'unité du royaume, rejoignent l'armée royale[49]. Leur chef, François d'Alençon, dirige les opérations. Après de rapides sièges, il prend les villes de la Charité sur Loire, en mai, puis celle d'Issoire, en . Le duc de Mayenne (ligue) opère en Poitou. Damville obéit aux ordres du roi et assiège Montpellier. Encore une fois, aucun parti n'est en mesure de l'emporter. La paix de Bergerac, concrétisée avec l'édit de Poitiers, met un terme provisoire au conflit. Elle restreint les conditions du culte protestant, limité à une seule ville par bailliage et seulement dans les faubourgs[50].

Septième guerre de Religion (1579-1580)

Catherine de Médicis entreprend un nouveau voyage dans tout le royaume. Elle rencontre les différents partis, les gouverneurs des provinces, les grands. Son objectif est d'établir une paix définitive. Le , elle signe au nom du roi le traité de Nérac, qui donne aux protestants quinze places de sûreté pour six mois. Six mois plus tard, les protestants refusent de rendre les places[50].

Henri de Navarre prend Cahors. La paix de Fleix (près de Bergerac) accorde le maintien de quinze places de sûreté pour six ans aux protestants. Cette guerre est aussi appelée guerre des Amoureux en raison des intrigues de galanterie qui y donnèrent lieu. En effet, le protestant Henri de Navarre et sa femme Marguerite de Valois (la reine Margot) menèrent joyeuse vie à Nérac au milieu d'une cour composée de jeunes seigneurs frivoles, et que leurs continuelles galanteries avaient fait surnommer les Amoureux.

Durant les guerres, l'autorité royale n'a cessé de se réduire face aux gouverneurs des provinces. Côté protestant, Henri, roi de Navarre, seigneur en Rouergue et en Quercy est en plus gouverneur de Guyenne. Condé est gouverneur de Picardie. Côté catholique, le parti des Guise contrôle les gouvernements de la Bretagne, de la Bourgogne, de la Champagne, la Normandie. Dans certaines régions, les deux partis se partagent le pouvoir comme en Provence[50].

Huitième guerre de Religion (1585-1598)

Article connexe : Guerre des Trois Henri.

La fin du règne d'Henri III

Le , le duc d'Anjou, François d'Alençon meurt. Henri III n'a pas d'enfant et il est douteux qu'il en ait un jour. La maison de Valois est menacée de disparaître. Depuis l'extinction des Capétiens directs, la règle de succession en vigueur en France est celle de la primogéniture mâle qui exclut les filles et leurs descendants de toute prétention au trône[51].

Le successeur légitime devient le chef du parti protestant de Navarre[38]. Les catholiques ne veulent en aucun cas d'un souverain protestant qui risquerait d'imposer sa religion à tout le royaume. Le , les Guise signent alors avec les Espagnols le traité de Joinville[20] : il est convenu que le successeur d'Henri III serait le cardinal Charles de Bourbon, oncle du futur Henri IV. Philippe II s'engage à verser 50 000 écus par mois pour payer les soldats de la Ligue[25]. Au printemps 1585, la Sainte Ligue revigorée prend le contrôle de nombreuses villes. Tentant de contrôler la Ligue, Henri III s'en déclare le chef le . Pour donner des gages à la Ligue, il publie l'édit de Nemours le qui interdit le culte protestant et déchoit Henri de Navarre et Condé de leurs droits. Il reçoit l'appui de Sixte V qui lui rappelle que le roi de Navarre est hérétique et relaps[25].

La guerre recommence. Condé affronte Mercœur près de La Rochelle ; le roi de Navarre contre Aumale en Guyenne... Guise est à l'Est pour empêcher les troupes venues d'Allemagne d'intervenir. Le roi supervise le tout. Les diverses batailles ne sont pas décisives. Henri de Navarre inflige cependant de lourdes pertes aux royaux dirigés par Joyeuse lors de la bataille de Coutras le [25].

Guise parvient à massacrer les reîtres protestants allemands durant la bataille de Vimory (près de Montargis) le , puis à Auneau le .

Grisé par sa victoire, Guise se fait acclamer par le peuple de Paris et humilie le roi. Le roi doit abandonner la capitale aux ligueurs après la journée des barricades du . La ville se déclare alors pour la Ligue et se dote d'institutions nouvelles[52]. Le roi profite de la réunion des États généraux à Blois pour faire assassiner les chefs de la Ligue, le duc de Guise et son frère le cardinal Louis de Lorraine en [25]. Après ces deux meurtres, Henri III s'écrie : « À présent, je suis roy ! ».

À la nouvelle de l'assassinat des chefs de la Ligue, la Ligue rompt tout contact avec le roi déclaré tyran et traître à la cause catholique. Le duc Charles de Mayenne, frère des deux victimes et nouveau chef de la Ligue, prend alors le contrôle de Paris[25]. En , s'installe à Paris un conseil général d'Union auquel se rallient plusieurs gouverneurs. Les docteurs de la faculté de théologie de Paris déclarent les sujets français déliés de leur serment de fidélité[52]. Henri III n'a plus d'autre solution pour sauver son trône que de s'allier aux protestants. Il se réconcilie avec le roi de Navarre. Ils unissent leur force pour assiéger Paris. Henri III est assassiné à Saint-Cloud le par le dominicain Jacques Clément, faisant ainsi de Henri de Navarre, chef des protestants, le nouveau roi de France. Les politiques catholiques comme protestants reconnaissent la légitimité du nouveau roi. De plus, dès le , Henri IV, influencé en ce sens par Michel de Montaigne, proclame son intention de se faire instruire dans la religion catholique. Les protestants intransigeants quittent alors le nouveau roi. Ils craignent son éventuelle conversion qui pourrait selon eux déboucher sur de nouvelles persécutions des protestants[52]. Les parlements sont divisés entre ligueurs et royalistes.

Henri IV, à la conquête du pouvoir

La Ligue, qui tient toute la France du Nord et peut compter sur le soutien de Philippe II d'Espagne, refuse de reconnaître un roi protestant. Dès le mois d', les ligueurs parisiens proclament le cardinal de Bourbon comme nouveau roi de France. Mais celui-ci meurt en , laissant un vide politique parmi les ligueurs. Des soldats espagnols s'installent alors en Bretagne et en Languedoc. Philippe II donne l'ordre par deux fois, aux troupes d'Alexandre Farnèse stationnées aux Pays-Bas de se rendre en France. Le duc de Savoie intervient en Provence et en Dauphiné. Du côté des protestants, Élisabeth Élisabeth Ire envoie de l'argent et les princes allemands des troupes[52].

En 1589 et 1590, Henri IV multiplie les opérations près de Paris et en Normandie. Après la victoire d'Arques, il vient mettre le siège devant Paris. Après la brillante victoire d'Ivry, il tente un troisième siège sur Paris. Au bout de plusieurs semaines de siège, Henri IV se voit contraint de lever le camp, à cause d'une armée espagnole envoyée par Alexandre Farnèse pour débloquer Paris. Dans la nuit du au , il tente à nouveau d'investir Paris par la ruse en envoyant ses hommes de troupe déguisés en marchands de farine. Cette tentative se solde par un nouvel échec et gardera le nom de Journée des Farines.

Il assiège Rouen, envoie une armée tenir ouverte la route vers les Pays-Bas protestants et une autre empêcher le duc de Mercœur déboucher de Bretagne[53]. Sur le front sud, le duc de Montmorency parvient à battre la famille de Joyeuse à laquelle les Montmorency disputent le Languedoc et menace désormais la ville de Toulouse d'appartenance ligueuse.

En 1593, les États généraux de la Ligue se réunissent à Paris. Ils demandent un souverain catholique. Ils refusent cependant de donner la couronne de France à l'infante Isabelle, la fille de Philippe II d'Espagne et d'Élisabeth de Valois. Le duc de Savoie, le duc de Lorraine, un Guise sont aussi sur les rangs ainsi que deux Bourbons catholiques. Henri IV comprend de son côté qu'il ne sera jamais accepté s'il reste protestant[25]. Des conférences de négociation ont lieu à ce sujet à Suresnes entre fin avril et fin mai 1593[54]. Il annonce sa conversion au catholicisme et abjure à la cathédrale de Saint-Denis le . Cette conversion lui ouvre les portes de Paris en 1594. Il est sacré à Chartres le . Le , le pape reconnaît la légitimité de la succession[53]. Les ralliements au roi légitime s'accélèrent.

Henri IV, portrait des années 1590.

Durablement installé dans sa capitale, Henri IV peut songer à finir la reconquête de son royaume. Il déclare officiellement la guerre à l'Espagne et entame une campagne en Bourgogne dont le tournant est la mise en déroute des dernières forces armées de la Ligue, le , à la bataille de Fontaine-Française. Mayenne vaincu, la Ligue nobiliaire cesse peu à peu d'exister. En 1596, le jeune duc de Guise qui s'est rallié au roi assiège la ville de Marseille. Henri IV peut faire son entrée royale dans la ville de Lyon qui contrairement à Paris, l'accueille avec beaucoup de pompe. Si Mayenne et le cardinal de Joyeuse font leur soumission au roi, il n'en va pas de même du gouverneur de Bretagne, le duc de Mercœur qui maintient la coupe ligueuse sur la Bretagne où Philippe II fait débarquer une troupe espagnole.

L'Est reconquis, Henri IV songe à protéger sa frontière nord attaquée par les Espagnols. Les affrontements à Laon rétablissent la situation en sa faveur, mais la prise surprise de la ville d'Amiens par les Espagnols remet tout en question. Délaissé par les protestants qui s'estiment lésés par le roi, Henri IV tente tant bien que mal de reprendre Amiens où il déploie des moyens militaires considérables. Une armée de secours espagnole vient assiéger l'armée assiégeante, mais au bout de multiples sacrifices, la ville est reprise.

Article détaillé : Siège d'Amiens (1597).

La pacification

Article connexe : Paix de Vervins.

En 1598, la France et l'Espagne sont à bout de force : la guerre franco-espagnole se conclut par la paix de Vervins.

Henri IV se déplace à Angers pour préparer un nouvel édit de pacification et soumettre à Nantes, le duc de Mercœur. Il règle le problème protestant par l'adoption d'un édit de tolérance, l'édit de Nantes. Il s'inspire des différents édits pris au cours des guerres de Religion. Les réformés obtiennent la liberté de conscience, une liberté de culte limitée et l'égalité civile avec les catholiques. Les protestants doivent payer la dîme, mais le roi finance la formation des pasteurs et les synodes. Ce financement est toutefois irrégulier et s'arrête avec la mort du roi en 1610.

Des garanties judiciaires leur sont assurées par la constitution de « tribunaux mi-parties » dans quatre villes. Enfin pour se protéger ils disposent de 144 « places de sûreté » pour huit ans, privilège renouvelé en 1606[55] puis supprimé en 1629 par la paix d'Alès, clôturant le soulèvement du Midi protestant qui verra la destruction de 38 places fortes. Mais le nombre de protestants a fortement diminué. À la fin des guerres de Religion, ils ne sont plus qu'un million en France[56].

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