Son répertoire s'est étendu à la période romantique avec des interprétations remarquées de Beethoven (intégrale des symphonies), Berlioz, Schumann et Brahms, des œuvres dans lesquelles l'utilisation d'instruments d'époque, le recours à un nombre réduit de musiciens et le sens du phrasé musical acquis par la pratique de la musique vocale font merveille.
L'une des spécificités de Gardiner est sa connaissance profonde et son amour de la musique française. Ainsi, on peut citer parmi de nombreux exemples son interprétation de Pelléas et Mélisande de Claude Debussy, ainsi que celle des Brigands de Jacques Offenbach.
En carrière, Gardiner participe, avec ses divers ensembles et orchestres, à plus de 250 enregistrements, surtout parus sous les labels Archiv Produktion (le label de musiques anciennes de Deutsche Grammophon), Philips et Soli Deo Gloria.