Il est l'une des plus grandes autorités en ce qui concerne l'Égypte antique. Il étudie à l'université de Berlin, et prépare une thèse de doctorat sous la direction d'Adolf Erman. Il soutient sa thèse parue à Berlin en 1894, et devient ainsi le premier américain titulaire d'un doctorat en égyptologie. Dans sa thèse il est le premier à souligner l'importance de l'étude de la révolution monothéiste d'Akhenaton pour la compréhension du monothéisme biblique. Thèse reprise plus tard par Freud dans Moïse et le monothéisme.
Il devient enseignant à l'Université de Chicago peu de temps après, et professeur d'égyptologie et d'histoire de l'Orient à l'université de Chicago, après un séjour de cinq ans en Égypte. Il a publié de nombreux ouvrages et articles. Il a conduit des expéditions archéologiques en Égypte, en Mésopotamie, en Palestine, et en Perse. Breasted est à l'origine de la fondation de l'Institut oriental de Chicago, et 1919, et en a assuré la présidence.
On attribue à Breasted la création du terme « croissant fertile » ; ce terme se trouve en effet dans son livre « Outlines of European History ».
A History of Egypt from the Earliest Times to the Persian Conquest, Charles Scribner's Sons, (lire en ligne) ;
Ancient Records of Egypt : Historical Documents from the Earliest Times to the Persian Conquest, collected, edited, and translated, with Commentary, University of Chicago Press, 1906-1907
Development of Religion and Thought in Ancient Egypt : Lectures delivered on the Morse Foundation at Union Theological Seminary, New York, C. Scribner's Sons, (lire en ligne) ;
Outlines of European History, Part I : Earliest Man, the Orient, Greece, and Rome, Ginn and Company, (lire en ligne)
Ici, il parle de « fertile crescent »
Ancient Times — A History of the Early World, Boston, The Athenæum Press, (lire en ligne) ;
Some Experiences in the Tomb of Tutankhamon, University of Chicago Alumni Pamphlet 2, Chicago, University of Chicago, ;
