Eukaryota

Les eucaryotes (ou Eukaryota) sont un domaine regroupant tous les organismes, unicellulaires ou pluricellulaires, qui se caractérisent par la présence d'un noyau et généralement de mitochondries dans leurs cellules. Il s'oppose aux domaines des Eubacteria et des Archaea.

Selon la nomenclature de Whittaker et Margulis (1978) [1], les Eucaryotes rassemblent quatre grands règnes du monde du vivant : les animaux, les champignons, les plantes et les protistes (ou bien les protozoaires), auxquels il convient d'ajouter les chromistes selon la nomenclature de Cavalier-Smith (1981) [2], ce dernier proposant en 1998 d'intégrer ces règnes dans les deux empires des Prokaryota et Eukaryota [3]. Cependant, la pertinence de ces règnes est remise en cause par les tenants du cladisme qui considèrent - à l'inverse des évolutionnistes - qu'il est préférable de ne pas reconnaitre de groupes paraphylétiques (comme les protistes ou les protozoaires par exemple).

Étymologie et histoire du concept

Article détaillé : Prokaryota#Origine du concept.

Le terme Eukaryota [1], [4], [5] provient du grec eu, « bien » et karuon, « noyau ». Il signifie donc littéralement « ceux qui possèdent un véritable noyau ». Il s'oppose au concept de Prokaryota.

Les eucaryotes forment traditionnellement un empire du monde vivant, ou un domaine dans la classification proposée par Carl Woese. À cette occasion, ce dernier suggéra un changement de nom pour Eucarya [6], un terme aujourd'hui très peu employé, en dehors de quelques microbiologistes [7].

Le terme est aussi écrit sous la variante Eukarya [8], notamment par certains biologistes qui, à l'instar de Margulis et Chapman (2009) [9], considèrent le taxon comme un super-règne.